Fabian Cancellara et le Tour de Suisse étaient faits pour s'aimer, et ça a sauté aux yeux du monde entier dès la première participation de "Spartacus" à l'épreuve. En 2003, à 22 ans, il remportait le prologue d'Egerkingen devant l'Espagnol Oscar Pereiro et l'Australien Bradley McGee. Mais le champion suisse a ensuite dû attendre quatre années avant de récidiver, sur le chrono d'ouverture de l'édition 2007, à Olten, où il a pris le maillot jaune avant de le conserver trois jours.
Cancellara a encore brillé sur le Tour de Suisse 2008, grâce à ses qualités de finisseur, avec deux victoires d'étape et le classement par points. Dans la 7e étape, vers Lyss, il a attaqué à 10 km de l'arrivée. Un petit groupe s'est formé autour du Suisse et du leader de la course, le Luxembourgeois Kim Kirchen. Quatre kilomètres plus loin, Cancellara partait seul et résistait au peloton après une démonstration de puissance dans la campagne helvète.
Deux jours plus tard, il signait un nouveau succès, chez lui, à Berne, en déposant de façon spectaculaire Philippe Gilbert, qui avait tenté d'anticiper le sprint. Cette année-là, Cancellara a également remporté Tirreno-Adriatico, Milano-Sanremo, une étape du Tour de France et le contre-la-montre des Jeux Olympiques de Pékin.
Les attentes étaient immenses l'année suivante. Le Tour de Suisse 2009 s'est élancé du Liechtenstein avec un prologue de 7,8 km entre Mauren et Ruggell. Cancellara a immédiatement imposé sa puissance avec une victoire devant le vainqueur sortant du Tour de Suisse, le Tchèque Roman Kreuziger (+19"), et l'Allemand Andreas Klöden (+22") pour prendre la tête du classement général. Les deux étapes suivantes, plates, ont souri aux sprinteurs : l'Autrichien Bernhard Eisel et le Britannique Mark Cavendish se sont imposés.
Cancellara a abandonné son maillot jaune au 4e jour de course, lorsqu'un petit groupe avec de solides outsiders s'est échappé vers Stäfa et a pris une minute au groupe principal. Le Danois Matti Breschel a levé les bras, le Slovène Tadej Valjavec a pris la tête du général, et le Luxembourgeois Andy Schleck était également dans le coup.
Mais le champion suisse a démontré dès le lendemain qu'il restait pleinement engagé dans la lutte pour la victoire finale. Alors que le peloton souffrait sur les pentes de Servaus, en Autriche, Cancellara a pris la 2e place, seulement devancé par son compatriote Michael Albasini, et est revenu à la 3e place au général, au niveau d'un autre Suisse, Oliver Zaugg. Il est encore remonté d'un rang le lendemain, en empochant 5 secondes de bonifications en route vers Bad Zurzach. "Spartacus" semblait déterminé à reprendre le maillot jaune avant le contre-la-montre final.
Cancellara a pris une solide 6e place en parvenant à ne pas perdre la moindre seconde dans la difficile 7e étape du Vallorbe Juraparc, remportée par Kim Kirchen. Le Luxembourgeois s'est extirpé du peloton dans les derniers mètres pour cueillir Roman Kreuziger - qui avait attaqué en solitaire - et le devancer de deux petites secondes. Cancellara se trouvait dans un groupe ayant terminé cinq secondes derrière Kreuziger.
Le lendemain, avec l'arrivée à Crans-Montana, Cancellara a fini 3e d'une étape remportée par son grand rival des épreuves contre la montre, l'Allemand Tony Martin, tandis que l'Italien Damiano Cunego prenait la 2e place. Avec ses 4 secondes de bonifications, le Suisse revenait à 4" du leader Tadej Valjavec, 4e au sommet.
La victoire finale s'est donc décidée contre la montre, sur un parcours de 39 km à Berne. Cancellara trouvait dans sa ville natale la meilleure chance de sa carrière de remporter le Tour de Suisse après une semaine rythmée par ses efforts en tous genres, sur le plat et en montée, au sprint ou à l'attaque. Déjà double Champion du Monde UCI du contre-la-montre, il a offert une nouvelle démonstration pour s'imposer devant Tony Martin et repousser Tadej Valjavec à près de 4 minutes. Martin en a également profité pour prendre la 2e place au général, derrière Cancellara et devant Kreuziger.
C'est la seule fois que Fabian Cancellara a remporté le classement du Tour de Suisse mails il s'est encore imposé à quatre reprises les années suivantes : lors des prologues de Lugano en 2010 et 2011, de Baar en 2016, et du contre-la-montre final de l'édition 2011, à Schaffhouse. Spartacus a accumulé 11 victoires d'étapes sur le Tour de Suisse, aussi bien que ses compatriotes légendaires Ferdi Kübler et Hugo Koblet. Peter Sagan s'est emparé du record en 2016 et compte désormais 17 victoires d'étapes sur l'épreuve suisse.
L'année 2016 fut également la dernière saison de la carrière de "Spartacus", qui s'est retiré après un deuxième titre olympique dans le contre-la-montre, lors des Jeux de Rio au Brésil.